La metodología utilizada por el Semillero Univalle se basa en una atención directa por parte de los docentes, fomentando la discusión en grupos y la realización de exposiciones. Se llevan a cabo talleres individuales y colectivos, así como el planteamiento y solución de juegos y pasatiempos. También se realizan prácticas de laboratorio, lecturas recreativas, escritura de textos e interpretación de instrumentos musicales.
Los temas se desarrollan usando materiales didácticos especialmente elaborados por un colectivo de docentes de los Departamentos de Matemáticas, Física, Química, Lenguaje y Música adscritos a la Universidad del Valle. Esta metodología integral permite a los estudiantes desarrollar habilidades y competencias en diversas áreas del conocimiento.